Die 2000er Jahre repräsentieren für Walther eine Phase der Weiterentwicklung und Spezialisierung, die von wichtigen strategischen Entscheidungen getragen wird. Im Jahr 2002 erfolgt die Übernahme durch die J. Wagner GmbH, wobei Walther Pilot als eigenständige Marke erhalten bleibt. Unter diesem Dach fokussiert sich das Unternehmen auf Nischenprodukte, um seine Position in spezialisierten Marktsegmenten zu stärken.
Neben der Entwicklung von Düsenverlängerungen, die präzise Lackieranwendungen selbst in schwer zugänglichen Bereichen ermöglichten, und dem Ausbau der Klebetechnologie, erreichte das Unternehmen im Jahr 2003 einen bedeutenden Meilenstein: die ATEX-Konformität seiner gesamten Produktpalette.
